De operationele fase bestaat uit de concrete uitvoering van de projecten van de actie- en investeringsprogramma's van de verschillende Schoolcontracten.

De termijn voor de uitvoering van de projecten bedraagt 4 jaar.

Elk jaar organiseert de Dienst Scholen en Studentenleven voor elk Schoolcontract een opvolgingscomité om de voortgang van de projecten te beoordelen. Dit comité bestaat uit de directie en de inrichtende macht van de school en alle begunstigden van de subsidie.

Tijdens dit 1ste jaar van de operationele fase worden de verschillende projecten gelanceerd.

Een coördinatiepost per Schoolcontract verzekert de uitvoering van alle projecten.
Alle projecten moeten worden uitgevoerd binnen de periode van 4 jaar.